1805组Journal Club简报(2016-11-28)
1805组Journal Club简报(2016-11-28)
发布时间:2016-11-29 10:53    栏目类别:组内生活
       20161128日,硕士研究生鞠酒同学在组会上做了文献报告,具体内容如下:

       题目:Transcriptome and exoproteome analysis of utilization of plant-derived biomass by Myceliophthora thermophila

       内容:嗜热毁丝霉菌是第一个全基因组被测序的纤维状真菌。序列分析显示它拥有丰富的编码纤维素降解酶的基因。转录组学和外蛋白质组学方法已经被应用于检测真菌应对多糖和复杂生物质产生纤维素降解酶的研究中。而Berka等人在2011对嗜热毁丝霉菌进行过基于大麦,苜蓿秸秆的转录组和外蛋白组研究工作,本文作者进一步扩展了实验的底物,增加了油菜、亚麻、黑小麦和燕麦秸秆。扩大底物的来源种类,对于了解嗜热毁丝霉菌降解复杂生物质时相关酶转录水平和表达水平具有一定的现实意义。

        作者主要采用了基于RNA-seq的检测手段,确定不同基因在不同底物下的FPKM值来代表基因的转录水平,另一方面作者用LC-MS方法检测外蛋白的TIC值用以代表外蛋白的表达水平。

         首先作者用R语言构建转录差异的PCA图,结果显示分别来自于单子叶植物和双子叶植物的三种秸秆在基因转录水平上受主成份影响更类似,所以在接下来的研究中将单子叶和双子叶植物分开作为单独的组,与葡萄糖培养进行对比。

        接下来作者利用R语言构建了基因表达差异的火山图,显示了组组之间差异表达的基因,单独找出差异表达Cazymes基因进行分析。

        作者进一步分析差异表达的基因和基因对应的蛋白水平,发现CAZymes的积累水平反应了其对应的编码基因的转录水平变化。但这种趋势也有例外,一个GH28基因和两个PL1基高转录水平与其蛋白水平不大匹配。

         最后作者得到的实验结果转录组学的分析证实和扩展了前人的研究,PCA分析显示,我们可以将单子叶植物和双子叶植物来源的生物质分离开来作为两个单独的组。外蛋白水平的分析,显示了不同底物对不同CAZymes的诱导水平差异,对于了解Myceliophthora thermophila降解复杂生物质的机制和过程具有一定的意义。

 

 

 

 
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